Подушка может быть виной от части, вы посмотрите за двигателем как он ходит когда с паркинга на Д ставишь, он там гуляет "будь здоров", а когда подушка раздолбана то амплитуда движений при переключениях очень большая возможно это влияет на момент переключения, я уже много про это слышал, что после замены подушки этот эффект уходит. А еще можно переобучить коробку. Для этого у дилера надо сделать переобучение - это типа сброс коробки к заводским настройкам и первые 100 км она после этого обучается, т.е. настраивает оптимальные интервалы переключения.. Спросите у дилера про эту опцию.